米国疾病対策センター(CDC)上級研究員による内部告発
2013年に生物学者のブライアン・フッカー博士は、米国疾病対策センター(CDC)が2004年に行った新三種混合(MMR)ワクチンと自閉症との関連性を示す研究について、CDCの上級研究員から一本の電話を受けとる。その学者ウィリアム・トンプソン博士は、CDCがMMRワクチンと自閉症との間の因果関係を示す決定的なデータを隠ぺいし、報告書を仕上げたことを内部告発したのだった。トンプソン博士からCDCの同僚が破棄したという秘密資料を受け取ったフッカー博士は、数ヶ月の間、トンプソン博士との電話のやり取りを録音する。

アンドリュー・ウェイクフィールド博士が監督として不正に迫る
フッカー博士は、イギリス人の消化器専門博士で、1998年にMMRワクチンが自閉症を引き起こす可能性があると指摘した論文により、反ワクチン運動を始めたと誤解され、非難を受けているアンドリュー・ウェイクフィールド博士の協力を得て、CDCの行った不正に迫っていく。子供たちの健康を守るために活動を続けているウェイクフィールド博士は、本来米国人の健康を守るべき政府機関が行った驚くべき隠ぺいの証拠を調べていく。そして数々の製薬関係者、医師、政治家、ワクチン接種により健康被害を受けた子供達の親にインタビューを行い、破壊的な速度で増加している自閉症とMMRワクチンとの間の因果関係研究に関する憂慮すべき不正を明らかにしていく。